Церковное искусство представлено иконами и предметами культового назначения.
Коллекция икон (140 единиц хранения) состоит в основном из памятников поздней иконописи XVIII - XX веков. Первые единичные поступления относятся к 1920-м годам, когда в Омск из Государственного музейного фонда прибыли художественные сокровища для картинной галереи, входившей в те годы в состав краеведческого музея. Среди первых поступлений следует выделить произведения XVII - XVIII веков: "Богоматерь Казанская", "Николай Чудотворец", "Святой Димитрий Ростовский", иконы мстерских мастеров конца XIX века О.С. Чирикова и М.И. Дикарева.
В конце 1930-х годов в фонды поступили иконы и другие церковные реликвии из березовского собора.
Затем в комплектовании коллекции культовой живописи следует длительный перерыв, возобновленный лишь в 1970-е годы. Благодаря экспедиционным сборам 1970 - 1990-х годов коллекция икон пополнилась в основном образцами крестьянского письма XIX - начала XX веков. Среди них многочисленные иконы — "Св. Николая Чудотворца", "Св. Параскевы Пятницы", "Св. Георгия Победоносца" и др.
Среди поступлений последних лет следует отметить две иконы с образом Св. Александра Невского, четыре иконы с изображением сибирского Святого Симеона Верхотурского и единственную в коллекции выносную (двустороннюю) икону "Николай Чудотворец — Св. Троица".
Коллекция декоративно-прикладного искусства (насчитывает 280 единиц хранения) предметно делится на культовое литье и богослужебную церковную утварь, изготовленную как из металла, так и из дерева. Различные по размерам и сюжетам медные иконы, иконы-складни, створки от них, иконы-образки, кресты — украшены рельефными орнаментами и ликами святых, некоторые из них покрыты цветной эмалью.
Хронологические рамки коллекции XIХ - н. XX вв. Предметы данной коллекции попали в музей различными путями. В основном это поступления от жителей Омска и Омской области. Часть предметов была собрана в ходе историко-этнографических экспедиций по районам Омской области.
Собрание предметов церковного искусства в последние годы активно реставрируется в реставрационном центре "Купина" (г. Москва) — А.В. Неретиным, А.А. Козьминым и др. К восстановлению разрушенных памятников привлекаются также местные реставраторы Н.Г. Минько и В.А. Бекишева. Впервые иконы из фонда музея экспонировались на выставке, посвященной тысячелетию крещению Руси (1988 г.), впоследствии на выставках "Искусство реставрации" (1994 г.), "Сто лет Омской Епархии" (1996 г.) и "Следы Времени" (1998 г.).
